青少年科技馆是利用海沧大桥西锚碇建成的，与东锚碇的桥梁博物馆遥相对应，由室内展区、科技广场和探索教育区组成。室内展区近1万平方米，展出面积5000平方米；科技广场2万平方米。分二期建设，一期12个室内展馆，200余项展品，20项科技体育项目，于2001年6月对外开放。二期电子电讯、海洋科学、环保科学等将于2002年6月展出。
青少年科技馆采用展览与教育相结合方法，主要是展览教育、培训教育和实验教育，采用现代"科学中心"式的展览教育方式，体现展品的科学性、知识性、趣味性，提倡和鼓励青少年朋友动手参与，进行实践和探索，动脑筋思考体验。达到既传播科学知识，又注意科学精神、科学思想和科学方法的培养和普及，新颖刺激，感受智慧，是厦门市实施科教兴市战略，对青少年进行素质教育，提高公众科学文化素质的科普教育基地。
室内展区
在一万平方米的展区内，共有电磁馆、地球与自然馆、体能生理馆、力学机械学馆、声学馆、光学馆、机器人馆、心理学和脑科学馆、数学馆、科技应用馆和动手园。青少年参观时应仔细认真地阅读展品前的简明提示说明，而后按说明亲自动手操作实践，从而懂得基础科学的原理，获得当代应用高新技术的知识。
科技体育广场
科技体育广场有20000平方米，近20项科技体育展示。这里有磁力秋千和360度旋转的旋转秋千，可以演示重心与平衡，大胆尝试高空骑自行车走钢丝，试验驾驶方形轮的车子。可以操作声音的聚集和反射，锻练臂力的滚轮和自旋转盘、射击转椅等。还可以动手操作模拟龙卷风的形成过程。
探索教育区
探索教育是一种体验式的旅游，它通过诸如翻木墙、爬绳梯、操作独木舟和野营等活动，使旅游者在团队的协作中解决问题。既是一种探险活动，也是一种融入自然、增强信任、互相扶持的过程。
根据火烧屿得天独厚的条件和青少年科技馆200项可参与操作、演示的科技项目，在绿树碧海间，安排露营、攀岩、滑翔伞、野外生存、绳梯等精彩刺激的野外项目；在岛上湖内和岛边海中开展游泳、扎筏、划艇、独木舟等水上活动；还可开展求生、天梯、沼泽、弓道、绳网等场地课目和情景模拟、角色扮演、互动游戏等室内课程，使游人在参与、探索中，与大自然融为一体，在冒险、游戏中获得快意与收获，是一种全新的旅游感受。