高乐山自然保护区位于桐柏县东北部，地理坐标为北纬32°25′55″至32°42′40″，东径113°32′33″至113°48′12。东邻信阳平桥区，北接驻马店市确山县，西与驻马店市泌阳县接壤，南与湖北省随州市隔河相望。地跨毛集、黄岗、回龙三个乡镇，呈掌状分布，总面积10612公顷。核心区面积3663.5公顷，缓冲区面积3093.5公顷，实验区面积3855公顷。
高乐山自然保护区地理区位特殊，森林植被覆盖率高，生物多样性丰富，具有明显的生态、社会、经济价值。保护区的综合价值主要体现在以下几个方面：
1．区位重要性
淮河，因其流域面积广，两岸居住人口密集，流域内风调雨顺或旱涝灾害对中华民族的政治经济生活影响甚大，因而被华夏儿女尊为“风水河”。高乐山保护区的是千里淮河的源头地，高乐山是淮河一级支流五里河、毛集河的发源地，保护区也是淮河源头重要的贮水库，是南湾水库、薄山水库、红石嘴水库、尖山水库、赵庄、流石板、连庄等众多中小型水库的汇水区。南阳、信阳、驻马店南部及淮河中下游地区数千万人口的饮用水和工农业用水均来自该区。由于区内降水丰富且集中在7、8月份，容易形成大洪水，如果保护区森林生态系统遭到破坏，大量的洪水裹着泥沙奔涌而下，流入淮河及水库，将增加淮河的泥沙含量和洪水量，缩短淮河上水利工程的使用寿命，增大防洪难度，增加淮河治理的难度。因此，高乐山自然保护区大面积的森林植被对于淮河流域的生态安全，水土保持以及经济建设等都具有非常重要的意义，是高乐山头的生态屏障。
2．南北过渡典型性
保护区地处淮河上游，属桐柏山脉，南北气候差别大。动物区划是中国古北界与东洋界的分界线，由于山地不高（最高海拔1140米），形成南北共有种成分较多的过渡区域。保护区处于北亚热带和暖温带过渡地带，植物区系以温带成分为主，华北、华中与华东成分各占三分之一，植被类型属北亚热带常绿林向暖温带落叶林的过渡型。总之，无论是植被和物种，在这里与大的地理环境和具体的生态环境相协调、相适应，反映出明显的规律性和典型性。
3．生物多样性
3.1珍稀濒危保护植物
根据1984年国务院环境保护委员会公布的第一批《珍稀、濒危保护植物名录》，1985年国家环保局和中国科学院植物研究所出版的《中国珍稀濒危保护植物名录》第一册，河南高乐山自然保护区共有国家级珍稀、濒危保护植物17科，17属，18种，约占河南省国家级珍稀、濒危保护植物的37.8％。
根据1999年8月4日国务院公布的《国家重点保护野生植物名录（第一批）》，本区有国家重点保护植物15种，其中国家一级保护植物2种，国家二级保护植物13种，占河南国家重点保护植物的54%。
根据河南省人民政府豫政〔2005〕1号文件颁布的河南省重点保护植物名录，河南省级重点保护植物98种，其中种子植物93种，本保护区分布有32种，隶属21科、27属，占全省省级重点保护植物的32.7％。
根据林业部护字(1992)52号文件附件-国家珍贵树种名录统计的全国一、二级珍贵树种，河南省有国家珍贵树种19种，本区有国家珍贵树种8种，占河南珍贵树种的42%。其中一级1种，二级7种。
3.2珍稀濒危保护动物
高乐山自然保护区已查明的昆虫共有12目136科1036种。现有各种鱼类共7目、13科70 种。有两栖类动物共2目6科12种，占全省两栖类的38.7%。有爬行动物2目7科34种，龟鳖目2科2种，有鳞目5科32种。保护区鸟类资源相当丰富，分布有17目58科、316种鸟类，分别占全省鸟类的87. 8% 保护区有哺乳动物6目18科39属53种及亚种。区系组成中，属古北界的有20种，占本区全部兽类的39.62%；属东洋界的有24种，占45.3 %，广布种9种，占16.98%。其区系组成具有明显的南北过渡带特征。
属于国家重点保护的鸟类目前已知的有44种，占全部鸟类的13.92%。中、日政府间协定保护鸟类118种，中、澳政府间协定保护鸟类28种，中、日、澳政府间协定共同保护的候鸟类128种，占鸟类总数的40%。
在中国植被区划上，高乐山保护区属于亚热带常绿落叶阔叶林区域的桐柏、大别山地、丘陵松栎林植被片，具有南暖温带向北亚热带过渡的性质。保护区植被共有为5个植被型组，13个植被型， 48个群系以及大量的群丛。海拔相对高差1000m，植被具有明显的垂直梯度格局，植被类型的多样性丰富。
4．独特性和稀有性
保护区内，分布中国特有植物24属28种。国家Ⅰ级保护植物3种，Ⅱ级保护植物10种；待公布的Ⅱ级保护植物43种；被《中国植物红皮书（第一册）》收录17种；被《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ收录43种；国家Ⅰ级保护动物4种，国家Ⅱ级保护动物27种；被濒危动植物种国际贸易公约附录Ⅰ、附录Ⅱ和附录Ⅲ收入的物种共有39种，国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物共有175种。
5.生态系统脆弱性
保护区地形的复杂性、气候植被的过渡性造就了其生态系统的敏感性和脆弱性。保护区处于我国内陆山区，周边人口多，环境压力大，经济比较落后，社区经济发展对森林依赖性强，保护区的生态环境受人为活动威胁大。同时，由于保降水丰富，径流量大，土层较薄，保护区植被一旦破坏，极易造成不可逆转的水土流失和生态系统的逆行演替，带来毁灭性的灾难。
6．保护区面积的适宜性
高乐山自然保护区10612hm2，并连接成片，形成较大范围的自然整体，而不是几个孤立的“绿色岛屿”。因此有利于自然生态系统和物种的保护及管理，集中连片还能够满足生物物种生息繁衍的需要，有效维持生态系统的结构和功能。
7.学术研究性
保护区是研究北亚热带到暖温带生态交错带上，亚热带森林生态系统发生、发展及演替的活教材，汇集了多种区系地理成分，加上生态系统的多样性，丰富的珍稀濒危动植物资源，使得高乐山自然保护区成为良好的科研、教学基地，这里的研究工作具有很高的科研和学术价值。
总之，保护区的建设和发展对于高乐山的生态安全，保存和发展保护区内珍稀动植物种群及森林生态系统，充分发挥其保持水土，涵养水源作用，对保证淮河中、下游数亿人口的生活用水和工业农业用水具有重大战略意义，其水质水量更关系到我国南水北调东线工程的水质安全。