莲溪寺是武汉市目前唯一的一座佛教“女众丛林”。它创建于元末明初，原址位于武昌中和门（今起义门）外绿瓦窑地方。当时传戒挂单，香火旺盛，“为十方之丛林”，明末全部被毁。清康熙年间由法融长老在现址重建，1856年（咸丰六年）又毁于战火，仅存碑记于荒基山场。旋有正方和尚搭盖茅庵，供春香火。1889年（光绪十五年）从四川来的医僧道明和尚再次重建。他拿出自己的积蓄二千金，并四方化缘，募得水田、山场和树木等资产，着手“重复古貌，以妥神灵”。先后重建了山门、佛殿、客堂、斋房、廊房、寮房数十间，还装塑了不少佛像，添置了经典法器，逐渐恢复到原来“十方丛林”的规模。
现今该寺所存主要建筑大都为当时所建。道明于1891年亲笔提写的寺名如今仍镶嵌在山门之上。从那时起，莲溪寺住持传了六代，即：道明—心静—体空—曹昆—道根—慈学。
莲溪寺以莲花道场著称于武汉佛教四大丛林中。1911年（宣统三年）该寺奏准藏经，所藏佛经珍品直到“文革”前仍保存完好。同时还藏有墨玉观音、紫金钵等稀世珍宝。可惜的是，这些珍贵文物在“-”中大多散失。莲溪寺还是佛学教育基地。1928年在体空和尚主持下，筹集资金开办了著名的华严大学，聘请性沏、机通、体如等法师为教职员，3年内为佛门培养的30多名弟子，遍及海内外，这是当时全国最高佛学学府。
1959年，该寺被列为湖北省重点文物保护单位，得到妥善的管理。一度开办火葬场，香火也逐渐兴旺起来。“文革”中，莲溪寺也受到冲击，僧众被逐出山门。1983年政府落实宗教政策，寺庙才获得新生，先后迁出了火葬场和街道工厂，接回了流散在各地的比丘尼，并在1986年调来汉口栖隐寺慈学法师任住持，使该寺作为尼众丛林对外开放。目前寺内堂住比丘尼50多人，开办有年轻尼众“爱道培训班”，学员分别来自附近各省市。
近年来，市政府及市佛协等有关方面出资60余万元，修复了5座大殿，重塑佛像30多尊。修葺一新的莲溪禅寺，环境幽静，风格古朴，笃笃木鱼声伴着青灯黄卷，正是出家人修行的好处所。