阮元家庙总占地面积7492平方米，总建筑面积4782平方米。
建筑轴线分明，气势恢宏，初建于清嘉庆年间。房屋组群分为三路，由阮氏东宅、阮氏家庙及阮氏西宅三部分组成，家庙位于阮氏东宅和西宅之间。
家庙前后原有五进房屋，以《大清会典》所载“一、二、三品官，庙五间、两室、阶五级、两庑、三门”规格建造；庙内祀阮氏高、曾、祖、弥四世，祧者藏夹室。庙五间置祖宗龛三台，两夹室各置祖宗龛一台，东西庑各置龛两台，高、曾、祖、弥四世木主庙五间的三龛内，凡阮元一支孙辈，曾孙辈的木主，按大房（常生）、七房（祜）、五房（福）、八房（孔厚）的顺序，由北而南排列在东西庑内。
家庙与东路厅房之间有射序巷，供子孙和学生课余射箭习武强身之用。“阮氏东宅”原有东路由南向北分别为轿房、对厅、大厅、二进、三进、四进、奉恩楼。大门对面照壁，有砖刻“御赐”、“出门见喜”六字，文革时期用石灰涂抹。第一、二进曾分别有金色隶书匾额“力任子肩”和金色篆字匾额“怡志林泉、善自静摄”，第三进曾有赠湘圃公木质对联一副，今均已不存。惟第一进西厢房山墙嵌有四块关于成亲王永瑆的石刻。
阮元家庙，为江苏省文保单位，是我省首批名人故居抢救保护工程项目之一，全面修复阮元家庙被列入我市文博城建设的重要项目，由市名城公司负责实施。2008年底完成祠堂内单位及住户搬迁工作，2009年10月完成本体（家庙、享堂、寝堂、奉恩楼、东第住宅等）建筑修缮工作，2010年6月完成阮家祠堂北侧环境整治项目。维修保护工作，采用传统工艺与现代材料相结合的方式，在遵循不改变文物原状原则情况下，保持了原有建筑形制和风格，消除了文物安全隐患，有利于文物的保护和利用。
东北侧奉恩楼修复完成后，现已作为阮元生平展示馆向游客开放，展览详细介绍了阮元的生平事迹。隋文选楼位于家庙西北角，为阮元家庙重要建筑之一，曾是阮元藏书治学的场所。文选楼复建完成后被布展成为扬州学派纪念馆，展示了扬州学派的起源于发展，作为扬州学派的研究中心，向游客和市民开放。