水院位于郁金堂四合院之西部，由水院回廊、赏荷厅、四方亭、光华亭等建筑组成，中间一泓水名日观鱼池，水中植荷莲，有矶石。1979年9月在矶石上置汉白玉莫愁女雕像，像高2.1米，重2吨，作采桑归状。水院回廊环水而建，串联赏荷厅、四方亭、光华亭各建筑，面积139.53平方米，墙壁亦多石刻碑铭。光华亭居水院正南、砖木结构，建筑面积68.99平方米，亭内曾悬“月到风来阁”匾，现不存，今木刻楹联“憾江上石头抵不住迁流尘梦柳枝何处桃叶无从转羡他名将美人燕息能留千古迹，问湖边月色照过来多少年华玉树歌余金莲无后收拾这残山胜水莺花犹是六朝春。”为曾广照撰书。
四方亭居水院西北角，高二层，建筑面积42.34平方米，光绪十四年(1888)建，原为木结构，1974年翻建，檐以下改为混合结构，顶部仍为木结构。《金陵古迹名胜》云：“曾云阁有角楼，耸临湖上，登眺极佳”。赏荷厅居水院北首，共四间，面积118.84平方米，砖木结构，墙壁亦有石刻碑铭。回廊有1981年林散之隶书“诗意”2字及草书：“盈盈一水莫愁湖，湖上佳人名姓卢。不爱绮情爱贞素，桑间陌上羡罗敷。石头凉月曲如弓，六代繁华转眼空。谁似莫愁湖上女，千秋沿溯小桥东”。钱松喦隶书“画境”2字，费新我草书“相邻一带水，友谊万年青”句，钱松喦隶书“莫愁何事却多愁，愁逐春水不尽流。斩断愁根湖胜昔，看花女伴笑扬州”句，刘海粟行书“莫愁湖边千首诗，紫金山下万株松”句。
鲁迅1931年6月行书“雨花台边埋断戟，莫愁湖里余微波。所思美人不可见，归忆江天发浩歌”句。武中奇草书清马士图诗《柳丝织恨》：“忆昔采桑南陌头，故乡0-逐东流。回文欲倩重相识，风挽情丝机上柔”。萧娴隶书明顾起元诗：“荡漾平湖玉镜光，群峰环带画螺长；酒人楼隐千波阔，溪女船回一水香。鸥梦不离捐钒渚，燕泥还上郁金堂。石城人去遗芳在，谁忆双鸳向洛阳。”沙曼翁书元徐延徽文：“尽说卢家好莫愁，不知天上有牵牛。胜抛万斛燕支水，溜向银河一色秋”。悬挂全椒薛时雨同治辛未年题木刻楹联：“胜迹访莺花料应平地神仙得此处优游汤沐，好山作屏障为问隔溪猿鸟是何人呼吸清凉”。